Släpper ny version av proteinatlasen

Den femtonde versionen av databasen tillför information om transkriptomet, de mRNA-molekyler som används av cellerna för att bygga proteiner.

I HPA-projektet har proteiner i samtliga större organ och vävnader i människan lokaliserats med hjälp av antikroppar. Hösten 2014 lanserades den första ”fullständiga” versionen av proteinatlasen över människokroppen och i oktober förra året släpptes version 14.

I proteinatlasen finns information om människans proteiner och bilder från olika vävnader. Informationen i databasen bygger på analyser med drygt 25 000 antikroppar som kan identifiera drygt 17 000 unika proteiner hos människan. Utöver det finns även RNA-analyser av alla proteinkodande mänskliga gener.

I samband med lanseringen av den nya versionen av HPA publiceras en artikel i tidskriften Molecular Systems Biology. Den innehåller en jämförande analys mellan HPA-projektet och proteomikdata genererat genom Genotype-Tissue Expression-projektet, GTEx, som genomfördes vid Broad Institute i USA och som bygger på drygt 1 600 postmortem-prover från 28 mänskliga vävnader. Båda databaserna är offentligt tillgängliga.

- Genom att inkludera data från GTEx i The Human Protein Atlas har vi gjort vår databas ännu mer omfattande och det känns betryggande att det är ett så pass stort överlapp mellan vävnadsklassifikationen av generna i de två olika databaserna, säger professor Mathias Uhlén som är ledare för The Human Protein Atlas, i ett pressmeddelande.

HPA-projektet finansieras genom anslag från Knut and Alice Wallenbergs Stiftelse. Arbetet bakom det bedrivs främst vid Albanova, Scilifelab, KTH och på Rudbecklaboratoriet vid Uppsala universitet.

Läs artikeln i Molecular Systems Biology: Transcriptomics Resources of human tissues and organs

Human Protein Atlas hemsida

GTEx hemsida

Läs också:

Fortsatt fokus på HPA
När han lämnar Scilifelab lägger Mathias Uhlén fokus på ett nytt proteomikprojekt. Dessutom fortsätter arbetet med Human Protein Atlas.